Dit gebeurt aan de hand van een aantal vastgestelde criteria die door de Rekenkamer zijn opgesteld.

Wanneer de onderwerpen zijn getoetst aan de criteria, kiest de Rekenkamer een onderwerp uit dat ze gaat onderzoeken. De keuze voor een onderwerp wordt gecommuniceerd met de raad en via een nieuwsbericht met de bewoners van Deventer. Daarna wordt er een onderzoeksopzet gemaakt, die ter kennisname aan de gemeenteraad wordt gestuurd. Vervolgens begint het daadwerkelijke onderzoeksproces.

De Rekenkamer kan de onderzoeken zelf ter hand nemen of zich laten bijstaan door een extern bureau. Deze keuze laat zich leiden door de vraag of hoge kwaliteit van het onderzoek kan worden gewaarborgd. Uiteindelijk komen de resultaten en aanbevelingen ter verbetering in een rapport te staan. Deze wordt aangeboden aan de gemeenteraad. Hierover wordt ook weer met een nieuwbericht gecommuniceerd richting bewoners. Omdat de Rekenkamer onafhankelijk is, neemt zij in haar adviezen geen (politieke) standpunten in. Door oplossingsrichtingen aan te reiken probeert de Rekenkamereen leereffect te bewerkstelligen.

De rapporten van de Rekenkamer zijn openbaar, maar op grond van de Wet Open Overheid is het mogelijk dat (een deel van) het rapport als geheim wordt aangemerkt.