De gemeente Waddinxveen hecht grote waarde aan een duurzame en hoogwaardige groenstructuur. Met behulp van een groenstructuurplan wil de gemeente haar doel bereiken: ‘Waddinxveen: een complete, levende gemeente in het Groene Hart’.

De gemeente Waddinxveen heeft in 2011 de Leidraad beheer groenvoorzieningen vastgesteld met natuurwaardenkaart.

Het doel van de leidraad beheer groenvoorzieningen is dat een ieder die werkzaam/betrokken is bij het gemeentelijke groenbeheer in de gemeente Waddinxveen, gemakkelijk en praktisch te werk kan gaan. De wijze van uitvoering van werkzaamheden is aangepast, zodat de huidige voorkomende flora en fauna niet word gehinderd of geschaad.  Hierdoor zijn de werkzaamheden niet onderhevig aan de ontheffingprocedures in het kader van de Flora- en faunawet. Deze doelstelling wordt bereikt doordat de leidraad een handleiding vormt voor de gemeente om in de praktijk te voldoen aan de richtlijnen van de gedragscodes en daarmee invulling geef aan de Flora- en faunawet. In deze leidraad zijn de verantwoordelijkheden duidelijk aangegeven van zowel de gemeente als de opdrachtnemer in het kader van beleid, planvorming, voorbereiding, monitoring en evaluatie.

De gegevens van risicovolle natuurwaarden zijn als onderdeel van de leidraad verzameld en in kaart gebracht (natuurwaardenkaart). De natuurwaardenkaart is gemaakt aan de hand van de inventarisatiegegevens en het bron- en literatuuronderzoek. De natuurwaardenkaart geeft een beeld van de aanwezige waarden en soorten in de gemeente. Deze kaart geeft echter een momentopname weer, waardoor de gegevens na verloop van tijd niet actueel meer zijn en mogelijk een verouderd beeld geven.

De gemeente werkt volgens de leidraad beheer groenvoorzieningen (met gedragscode) voor  bescherming van soorten flora- en fauna. Daarnaast zet de gemeente zich ook in voor natuurontwikkeling. Zo heeft Waddinxveen samen met de gemeente Boskoop, het hoogheemraadschap van Rijnland en het hoogheemraadschap van Schieland en de Krimpenerwaard het ‘Waterplan Boskoop en Waddinxveen’ opgesteld. Dit plan heeft als doel de knelpunten in het watersysteem aan te pakken en kansen op verbeteringen te benutten. Het thema waterkwaliteit en ecologie speelt daarbij een belangrijke rol. In het kader hiervan staat bijvoorbeeld de realisatie van natuurvriendelijke oevers op de agenda.